Undang-undang Nomor 7 Tahun 1989 sebagaimana telah diubah dengan Undang-undang Nomor 3 Tahun 2006 dan perubahan kedua dengan Undang-undang Nomor 50 Tahun 2009 menganut asas personalitas keislaman, sehingga segala sengketa antara orang-orang yang beragam Islam mengenai hal-hal yang diatur dalam Pasal 49 Undang-undang Nomor 7 Tahun 1989 sebagaimana yang telah diubah dengan Undang-undang Nomor 3 Tahun 2006 dan perubahan kedua dengan Undang-undang Nomor 50 Tahun 2009 menjadi kewenangan Pengadilan Agama. Asas ini tidak berlaku dalam dalam kasus-kasus sebagai berikut :

1. Sengketa di bidang perkawinan yang perkawinannya tercatat di Kantor Urusan Agama, meskipun salah satu (suami atau isteri) atau kedua belah pihak (suami isteri) keluar dari agam Islam.
2. Sengketa di bidang kewarisan yang pewarisnya beragama Islam, meskipun sebagian atau seluruh ahli waris non muslim.
3. Sengketa di bidang ekonomi syariah meskipun nasabahnya non muslim.
4. Sengketa di bidang wakaf meskipun para pihak atau salah satu pihak tidak beragama non muslim.
5. Sengketa di bidang hibah dan wasiat yang dilakukan berdasarkan hukum Islam.

Semua sengketa tersebut di atas meskipun sebagian subjek hukumnya bukan beragama Islam, tetap diselesaikan oleh Pengadilan Agama / Mahkamah Syar'iyah. Contoh :

1. A dan B kawin secara Islam di Kantor Urusan Agama, B keluar dari agama Islam, A mengajukan perceraian, perceraiannya menjadi kewenangan Pengadilan Agama.
2. A beragama non Islam melakukan transaksi bai' murabahah dengan bank Muamalat, ketika terjadi sengketa merupakan kewenangan Pengadilan Agama.
3. A beragama Islam mempunyai anak bernama B. A menghibahkan sebidang tanah kepada B, B keluar dari agama Islam, A mewakafkan seluruh harta kekayaannya termasuk sebidang tanah yang telah dihibahkan kepada B kepada sebuah yayasan. Jika B bersengketa dengan A mengenai wakaf tersebut, maka pembatalan wakaf tersebut menjadi kewenangan Pengadilan Agama.
4. Perlawanan terhadap sita eksekusi dan/atau gugatan pembatalan lelang atas objek sengketa yang merupakan kelanjutan pelaksanaan eksekusi dari seluruh perkara yang menjadi kewenangan Pengadilan Agama harus diselesaikan oleh Pengadilan Agama walaupun pihak yang bersengketa adalah yang beragama selain Islam

Referensi

• Pedoman Pelaksanaan Tugas dan Administrasi Peradilan Agama Mahkamah Agung RI 2013